Lahko se zgodi, da posameznik s hrano vnese dovolj vitamina, vendar ga njegovo telo ne more absorbirati. Za uspešno vsrkavanje B12 v tankem črevesu je namreč potreben tako imenovani intrinzični faktor – beljakovina, ki jo izločajo celice želodčne sluznice. Pri avtoimunski bolezni, imenovani perniciozna anemija, telo uničuje te celice ali sam intrinzični faktor, kar popolnoma onemogoči absorpcijo. Podobne težave povzročajo stanja po operacijah na želodcu (npr. obvod želodca za zmanjševanje telesne teže) ali odstranitvi delov črevesja.
C. Vpliv zdravil in kroničnih zdravstvenih stanj
Nekatera široko razširjena zdravila pomembno vplivajo na sposobnost telesa, da izkoristi ta vitamin. Med njimi izstopa metformin, ki se pogosto predpisuje za zdravljenje sladkorne bolezni tipa 2, ter zaviralci protonske črpalke (antacidi), ki zmanjšujejo izločanje želodčne kisline pri ljudeh z zgago ali želodčnimi razjedami. Ker je želodčna kislina nujna, da se B12 loči od beljakovin v hrani, dolgotrajno jemanje teh zdravil neizogibno vodi v pomanjkanje. Veliko vlogo igrajo tudi kronične vnetne črevesne bolezni, kot sta celiakija in Crohnova bolezen, ki poškodujejo sluznico, kjer poteka absorpcija.
