Za kategorijo 1 besedilo potrjuje, da bodo te rastline veljale za konvencionalne pridelke. Dejansko na izdelkih, namenjenih potrošnikom, ne bo nobene oznake, ki bi nakazovala, da gre za GSO. Edina zahtevana sledljivost se konča pri kmetu: semenarsko podjetje mora označiti vrečke semen NGT, ki jih prodaja, in zagotoviti administrativno sledljivost. Vendar se informacije tu končajo.
Zato ne bo več pravil, ki bi urejala sobivanje s konvencionalnimi (brez GSO) pridelki, uvedenimi za preprečevanje nenamerne kontaminacije z GSO. Posledično ne bo več mogoče zagotoviti ekološkega sektorja brez GSO (čeprav kontaminirani ekološki pridelki ne bodo degradirani) ali dolgoročno ohraniti semen kmetov brez kontaminacije z GSO. GSO kategorije 1 so prav tako izvzete iz ocene tveganja. Nenazadnje država članica ne more prepovedati njihovega trženja na svojem ozemlju.
Za kategorijo 2 še vedno veljajo predpisi o GSO, vključno s sledljivostjo in označevanjem, pa tudi ocena tveganja, načrti spremljanja in dogovori o sobivanju s pridelki, ki niso GSO. Država članica se lahko tudi odloči, da prepove njeno trženje na svojem ozemlju.
Vprašanje patentiranja ostaja nerešeno.
Ta uredba odpira vprašanje intelektualne lastnine, ne le za rastline NGT, ampak tudi za druge. V Evropi so gojene sorte zavarovane s certifikatom rastlinske sorte (PVC), ki ščiti sorto, ustvarjeno z izborom, in proizvajalcu semena zagotavlja nadomestilo za njegovo delo, hkrati pa drugim žlahtniteljem omogoča, da ga prosto uporabljajo za lastno vzrejo. Patentni sistem, ki prevladuje v Združenih državah Amerike, je za uporabnike veliko bolj omejujoč in drag ter prepoveduje prost dostop do patentiranih genov.
Prvotno besedilo, ki ga je predlagala Evropska komisija, ni obravnavalo vprašanja patentiranja novih sort. Parlament je želel uvesti prepoved patentiranja za rastline z ne-zaščitno gojitvijo (NTG), vendar je bil ta ukrep, ki je bil pravno iluzoren, naknadno spremenjen med trialogom med Evropsko komisijo, Evropskim svetom in Evropskim parlamentom. Končno besedilo dovoljuje to patentiranje, z izjemo genov, ki so že prisotni v naravi, in nalaga določeno stopnjo preglednosti ter lažji dostop do semen za kmete – zaščitne ukrepe, ki so iluzorni glede na kompleksnost in spremenljivost prava intelektualne lastnine v različnih državah.
Poleg tega narašča zaskrbljenost glede privatizacije genskih virov . Nacionalni raziskovalni inštitut za kmetijstvo, hrano in okolje (INRAE) ugotavlja, da »če bodo dovoljeni patenti za rastline NGT [kategorije] 1, ki veljajo za enakovredne nemodificiranim rastlinam, bi to lahko ponovno odprlo možnost patentov za avtohtone lastnosti … z drugimi besedami, patentov za fragmente DNK, ki so naravno prisotni v rastlinah ali jih je mogoče pridobiti s preprostim križanjem . «
Končna različica sicer ponuja kompromis, vendar se zanaša na dobro voljo imetnikov patentov, da omogočijo dostop do svojih semen po razumni ceni – nekoliko naivno stališče. Besedilo zato še zdaleč ne ščiti dovolj pred tveganjem, da bi največja semenarska podjetja – Bayer/Monsanto, Corteva, Syngenta (ChemChina), BASF, Limagrain, KWS itd. – monopolizirala genske vire v škodo stotin malih proizvajalcev semen v različnih državah. Tveganje: izguba evropske suverenosti nad semeni in s tem nad kmetijstvom.
